Por estos datos inferimos que la construcción se comenzó por el presbiterio, lo que era más frecuente y lógico, y se terminó con el coro, situado a los pies de la iglesia. La basílica es de tres naves con cúpula de ½ naranja en el crucero. La nave central se cubre con bóveda de cañón reforzada por arcos fajones, y las naves laterales por cúpulas elípticas. Toda la construcción es de piedra labrada. La riqueza interior del templo es considerable, púlpito y retablos del siglo 18, frontal y sagrario de plata. Los cuadros del presbiterio, de mano de Leonardo Flores, con alegorías sobre la Virgen y la Orden Franciscana.